Это точно не плагин от антивиря такое вытворяет? Может поможет снятие галочки с "Включить защиту от фишинга и вредоносного ПО". Если не сработает, то, видимо, никак. Лучше уж использовать сторонний менеджер закачки, который такой фигней не страдает: хоть wget, хоть Download Master.
kk, как скачивать пытаешься? Просто была еще фишка, что хром может выпендриваться на скачанные экзешники с недавно зареганных доменов. Про тот же файл, размещенный на Яндекс.Диске, к примеру, он может ничего не писать.
Скорее всего проблема в том, что ваш софт не имеет сертификата безопасности заверенный с гуглом. Решение проблемы- запихнуть в RAR архив, zip не поможет.